Ventilator je edina komponenta,-ki porabi energijo v klimatski enoti. Podobno kot pri običajnih ventilatorjih je treba pri naročanju izbrati ustrezno vrsto ventilatorja glede na razmerje med pretokom zraka in tlačno višino, na primer naprej-ukrivljene ali nazaj-ukrivljene lopatice, da zagotovite optimalen hrup in učinkovitost. V zadnjih letih so iz tujine uvoženi ventilatorji za aeroprofile pokazali visoko učinkovitost.
Z razvojem računalniške tehnologije in izboljšanjem ravni samodejnega krmiljenja se sistemi s spremenljivim volumnom zraka (VAV) vse pogosteje uporabljajo v poslovnih stavbah, čistih prostorih, bolnišnicah in drugih okoljih, kar postavlja nove in višje zahteve pri izbiri ventilatorjev dovodnega in povratnega zraka v klimatskih napravah. Prvič, karakteristična krivulja ventilatorja mora imeti gladko krivuljo, tako da se sistem izogne nepotrebnemu povečanju statičnega tlaka, ko se pretok zraka zmanjša. Drugič, izbrani ventilator mora delovati v razmeroma stabilnem, visokem{2}}območju učinkovitosti. Tretjič, povratni/izpušni ventilatorji morajo biti enakega modela ali tipa kot dovodni ventilatorji in imeti podobne značilnosti delovanja, da zagotovijo učinkovito ujemanje celotnega sistema med delovanjem.
